陈云一贯重视学哲学、用哲学，特别是他孜孜不倦和学以致用的精神，在党内有口皆碑。改革开放初期，陈云连续9年担任中央纪委第一书记，对新时期党风廉政建设作出了重大贡献。他的党风廉政建设思想，具有浓厚的哲学思维，充满了丰富的唯物辩证法思想。
抓住主要矛盾，明确主攻方向。1978年12月，党的十一届三中全会决定成立中央纪委，并选举陈云为第一书记。随后，陈云就向中央纪委负责同志指出，中央纪委的工作指导方针是“维护党规党法，整顿党风”。1979年1月4日，他在中央纪委第一次全会上再次明确提出，中央纪委的基本任务“就是要维护党规党法，整顿党风”。他还从历史和现实、国内和国际的视角，阐述了作出这一论断的理由。他认为，实现生动活泼的政治局面，对党是一种重大工作，对国际共运也是一种重大责任。中央纪委把维护党规党法、切实搞好党风的基本任务担负起来，就是在这个伟大事业中尽了自己应尽的力量。1980年11月，他进一步作出了“执政党的党风问题是有关党的生死存亡的问题”“党风问题必须抓紧搞，永远搞”的精辟论断。陈云关于“抓党风”的科学论断，抓住了纪检工作的主要矛盾和本质，成为后来做好纪检工作的基本遵循。
实事求是，既抓好当前治标也着眼长远治本。当前做什么、长远抓什么，陈云都一体谋划。中央纪委成立初期，陈云首先主持拟定了两部重要党内法规，一个是代中央起草了《关于党内政治生活的若干准则》，作为端正党风的党内法规依据；另一个是《中央纪委关于工作任务、职权范围、机构设置的规定》，用于规范中央纪委内部运作。有了规则，明确了职能，中央纪委立即大刀阔斧地开展工作。
拨乱反正、纠正冤假错案是当时最紧迫的任务。中央纪委成立的第一年，在陈云领导下，按照“实事求是、有错必纠”的原则，积极参与平反重大冤假错案。一年后，根据实际情况的变化，迅速把工作重点转移到为贯彻执行十一届三中全会以来的路线方针政策提供纪律保证上来。1981年2月，针对当时经济领域中的不正之风和违法乱纪行为突出的现象，中央纪委第三次全会决定，把纠正经济领域中的不正之风作为重要任务，服务好经济建设这个中心。1982年1月5日，他针对广东一些地区走私活动猖獗一事批示：“我主张要严办几个，杀几个，判刑几个，并且登报，否则党风无法整顿。”1982年7月5日，他又在一份材料上批示，对于经济犯罪案件，“阻力再大也必须办”。一批大案要案的查处，使广大干部群众看到了党中央惩治腐败的决心，坚定了搞好党风的信念。
陈云敏锐地看到，实现党风的根本好转，仅靠查办案件是不够的，关键还是要靠“提高党员素质，尤其是提高高中级领导干部素质”“我们提倡的方针是预防为主，教育为主，先立法，先教育”。1985年3月13日，他指出，只是查处违法乱纪的案子不行，更重要的是要加强党员的党性和党纪教育。1986年10月4日，他再次强调，我们党处于全国执政的地位，“必须重视执政党条件下党员的政治思想教育和党性教育”。可以看出，他把坚定理想信念、筑牢信仰之基作为搞好党风的治本之策，努力做到“不敢腐、不能腐、不想腐”一体推进。
坚持两个文明一起抓，防止顾此失彼。随着改革开放的逐步深入，一些消极腐朽思想乘虚而入，部分党员干部深受影响。比如，当时有顺口溜称，“经济要搞活，纪律要松绑”“不吃不喝，经济不活”，大吃大喝、请客送礼之风大有上升之势。陈云认为，这些不正之风和违法乱纪行为滋生蔓延的一个重要原因，就是在搞好物质文明建设的同时，忽视了精神文明建设。
1984年10月17日，他专门就此批示：“党性原则和党的纪律不存在‘松绑’的问题，没有好的党风，改革是搞不好的。”三天后，他在十二届三中全会上进一步指出，我们是社会主义国家，必须物质文明和精神文明一起抓，这是永远要坚持的奋斗方向。1985年2月18日，他在中央政治局扩大会议上谈到上述消极现象有增无减时疾呼，“我主张有些东西要搞得死一点，叫先死后活，置之死地而后生。这是中国的一句老话，合乎辩证法，死是为了活”。1985年6月29日，他在全国端正党风工作经验交流会上的讲话中，再次苦口婆心地提醒全党，如果忽视精神文明建设，物质文明建设将偏离正确的方向，严重的，甚至会脱离共产主义理想。在邓小平、陈云等老一辈革命家推动下，1986年9月，十二届六中全会通过了《中共中央关于社会主义精神文明建设指导方针的决议》，明确了精神文明建设的战略地位和根本任务。
抓住“关键少数”，带动全党。陈云注重以点带面，牢牢抓住领导干部这个“关键少数”，特别是严格要求高级干部以身作则，成为清正廉洁的模范。
上世纪80年代中期，在商品经济大潮冲击下，社会上出现“一切向钱看”的错误导向，一些党政机关和领导干部也被卷了进去，纷纷经商办企业，钻改革的空子，甚至以权谋私，大搞权钱交易。这些行为，严重败坏了党风和社会风气，影响极其恶劣。1984年12月，中央决定对党政机关和党政干部经商办企业问题开展清理。在清理的过程中，又发现领导干部子女及其配偶经商办企业的数量很大。为此，中央纪委建议党中央对领导干部的子女及配偶经商办企业问题作出规定。1985年4月3日，陈云在中央纪委的建议稿上批示道：“这件事，应由中央像严禁党政机关和党政干部经商、办企业的问题那样，作出明确的决定方能制止。”
1985年9月23日，他在党的全国代表会议上再次强调，抓党风的根本好转仍是全党的一件大事，要求各级领导干部特别是高级领导干部作出榜样。他还提出，在以身作则这件事上，没有退居二线和离退休的问题，只要活着就要身体力行，不要“成为特殊人物”。1986年1月，他就中科院挪用科研经费购买高级小轿车供领导干部使用一事批示，在实现党风和社会风气根本好转中，“作表率首先从中央政治局、书记处和国务院的各位同志做起”。可见，陈云对领导干部管住自己、管好亲属、带动全党寄予厚望。
